El Clausura 2016 representó para el guardameta Rodolfo Cota la oportunidad para afianzarse como titular en el esquema de Matías Almeyda y no la desaprovechó, pues sus actuaciones en la recta final de la fase regular fueron un aporte fundamental para que el Guadalajara terminara como la mejor defensa del certamen, junto con el Pachuca, ya que colgó varios ceros en su meta, y eso que propició que la directiva gestionara la extensión de su cesión a préstamo por un año más.
- Apareció como titular en la Jornada 4 ante Morelia y en la J5 frente a Toluca. Desde la fecha 7 contra Jaguares ya no soltó el puesto en el 11 de Matías Almeyda. Jugó 13 partidos completos y acumuló 1170 minutos en la Liga MX y 180 en la Copa.
- Jugó su primera fase final de Liga con el conjunto rojiblanco en la que disputó dos encuentros, sumó 180 minutos y recibió dos anotaciones.
- Solamente recibió 10 goles en 13 partidos de la fase regular que jugó como titular. Cinco en condición de local y cinco como visitante. En la Copa sólo recibió uno en dos encuentros.
- Dejó su meta imbatida en cinco ocasiones, ante Querétaro (J9), Pumas (J12), Puebla (J13), Atlas (J14) y Santos (J17).
- Fue el quinto rojiblanco que más minutos disputó en el Clausura 2016, solo detrás de Isaac Brizuela, Orbelín Pineda, Carlos Salcedo y Carlos Cisneros.
POSICIONES
| Posición | Equipos | Partidos | Puntos |
|---|---|---|---|
| 8 |  |
16 | 26 |
| 9 |  |
17 | 25 |
| 10 |  |
16 | 21 |
| 11 |  |
16 | 18 |
| 12 |  |
17 | 17 |
