Su llegada al Guadalajara causó muchas expectativas y aunque al principio del torneo pasó por un periodo de adaptación, Carlos “Gullit” Peña poco a poco asumió su rol dentro de la cancha y en el esquema del técnico argentino Matías Almeyda para convertirse en un referente del ataque rojiblanco, fue el máximo anotador del Rebaño con siete goles y su desempeño correspondió a la alta exigencia a su condición de refuerzo para hacer de Chivas un protagonista del Clausura 2016.
- Fue uno de los tres jugadores del Rebaño que vio participación en los 17 partidos del CL2016, junto con Isaac Brizuela y Orbelín Pineda; fue titular en 13 de ellos.
- Acumuló 1,091 minutos en la Liga MX.
- Anotó 7 goles, con lo que fue el máximo anotador de Chivas en el torneo, además tuvo dos asistencias.
- Disputó su primera fase final de Liga con Chivas, en la cual jugó los 180 minutos de la serie de Cuartos de Final ante América.
- Recuperó 140 balones; el esférico por sus pies 677 ocasiones y su porcentaje de efectividad al cederla al compañero fue del 77.5 por ciento.
- Jugó dos partidos en la Copa MX donde sumó 83 minutos.
POSICIONES
| Posición | Equipos | Partidos | Puntos |
|---|---|---|---|
| 8 |  |
16 | 26 |
| 9 |  |
17 | 25 |
| 10 |  |
16 | 21 |
| 11 |  |
16 | 18 |
| 12 |  |
17 | 17 |
