La fuerza, la dinámica y la facilidad para recuperar el balón en la medica cancha fueron algunas de las cualidades que Michael Pérez mostró en el Torneo de Clausura 2016 y aunque una lesión a mitad del torneo frenó su recorrido como titular el cuadro rojiblanco en total jugó ocho partidos, cuatro de ellos en el once inicial; ingresó de cambio en la Jornada Seis ante León y en las siguientes cuatro fechas fue inamovible en la alineación del conjunto tapatío, pero una lesión en el Clásico Nacional lo alejó de la actividad y debido al buen momento futbolístico por el que atravesó Carlos Salcido, en la recta final del certamen se convirtió en una variante en el medio campo con la que pudo contar el técnico Matías Almeyda.
- Participó en ocho encuentros del Torneo de Clausura 2016, cuatro de ellos como titular. Es el segundo certamen en el que tiene más participación ya que en el Apertura 2015 jugó 15 partidos.
- Sumó 438 minutos en la Liga MX.
- Recuperó 85 balones; tocó el esférico en 274 ocasiones, su porcentaje de efectividad al cederla al compañero fue del 83.5 por ciento y tuvo una asistencia.
- Jugó cinco partidos en la Copa MX, donde acumuló 393 minutos.