Al igual que en el Torneo de Apertura 2016, el Guadalajara disputará la fase de grupos de la edición Clausura 2017 de la Copa MX ante equipos del sur del país, al quedar ubicado en el Grupo Seis de la competencia junto al Atlante y a Venados FC, ambos clubes del Ascenso MX, incluso jugará por primera ocasión un partido oficial ante los yucatecos.
El conjunto rojiblanco ha sido uno de los protagonistas principales de la Copa MX, con tres finales y un título en los más recientes cuatro certámenes, y ante la salida de los clubes mexicanos de la Copa Libertadores, el Rebaño fue incluido en la próxima Copa MX, donde parte como uno de los equipos favoritos para luchar por el título.
Así quedaron los grupos
Grupo 1
Tijuana
Cimarrones
Correcaminos
Grupo 2
Querétaro
Alebrijes
Cruz Azul
Grupo 3
América
Coras FC
Santos Laguna
Grupo 4
Mineros
Puebla
Atlas
Grupo 5
UAEM
Necaxa
Jaguares
Grupo 6
Chivas
Atlante
Venados FC
Grupo 7
Monterrey
Dorados de Sinaloa
FC Juárez
Grupo 8
Celaya
Toluca
Veracruz
Grupo 9
Zacatepec
León
Morelia
POSICIONES
| Posición | Equipos | Partidos | Puntos |
|---|---|---|---|
| 8 |  |
16 | 26 |
| 9 |  |
17 | 25 |
| 10 |  |
16 | 21 |
| 11 |  |
16 | 18 |
| 12 |  |
17 | 17 |
