La tendencia de ser los equipos goleadores del Torneo Copa Chivas no disminuyó en la etapa de Cuartos de Final para los equipos menores y para la categoría 2000-2001 estos fueron los resultados:
Aztlán 4 Chivas Centro 0
Lobos Stease (3) 1 Necaxa 1(4)
Chivas Verde Valle 5 Chivas Verde Valle A 0
Ejido Tepic (0) 2 Ciudad Valles San Luis Potosi 2 (2)
*() Marcadores en serie de penales
Semifinales
Aztlán vs. Chivas Verde Valle Selección
Necaxa vs, Ciudad Valles San Luis Potosí
Para los nacidos en 1999, el panorama de Cuartos de Final lució apretado y estos fueron los marcadores finales de los encuentros efectuados este día:
Córdica 3 Chivas Centro 0
Poza Rica 3 IMSS Morelia 1
Colegial San Luis 0 UNAM 1
Rayos Casa Bella 1 Colegio Cristobal Colón 2
Semifinales
Córdica vs UNAM
Poza Rica vs Colegio Cristobal Colón
En la categoría 1998, las escuadras en los Cuartos de Final también lucharon hasta el último minuto por la victoria y muestra de ello fueron los resultados registrados en la cancha de Maracaná:
Guadalajara FB 1 Chivas Deportivo Morelos 2
CECADEP Guasave 3 Rayados de Monterrey 1
Chivas Verde Valle 2 El Debate 1
Rayados San Nicolás 1 Chivas San Rafael 2
Semifinales:
Chivas Deportivo Morelos vs Chivas Verde Valle
CECADEP Guasave vs Chivas San Rafael
POSICIONES
| Posición | Equipos | Partidos | Puntos |
|---|---|---|---|
| 8 |  |
16 | 26 |
| 9 |  |
17 | 25 |
| 10 |  |
16 | 21 |
| 11 |  |
16 | 18 |
| 12 |  |
17 | 17 |
